De Bujinkan Dojo werd opgericht door Masaaki Hatsumi Soke ter ere van zijn leraar Toshitsugu Takamatsu, de eerste die de titel van Soke kreeg binnen de 9 scholen waaruit de Bujinkan bestaat. Bujinkan kun je vertalen als "Hall of the Divine Warrior" en iedere stijl binnen de Bujinkan wordt gezien als een Kobudo of antieke martial art. De oudste wortels van deze scholen kunnen tot 800 AC teruggevolgd worden, voornamelijk vanuit overlevering (kuden) en er wordt naar verwezen als Koryu (ancient schools). Kobudo verwijst naar de klassieke martial-arts systemen, van vòòr 1600. Het is goed om te onthouden dat hoewel de Bujnkan bekend is om zijn Ninpo Taijutsu dit slechts een deel is van de complete Budo Taijutsu zoals dat wordt geleerd door Hatsumi Sensei. Hier horen ook andere methoden en technieken bij die Hatsumi Sensei geleerd heeft van Ueno Takashi en Nawa Yumio voordat hij onder Takamatsu Sensei trainde. Een korte beschrijving van de scholen die behoren tot de Bujinkan en waarvan Hatsumi Sensei de Soke is, is noodzakelijk voor het begrip van de Bujinkan als geheel maar het is goed om te weten dat de training niet een al te grote nadruk legt op deze scholen en hun afstamming en erfenis. Juist ook door de essentie van deze scholen waren ze erg alert op geheimhouding en dus zijn de historische bronnen, zeker voor wat betreft de vroegere periodes, niet geheel betrouwbaar en kunnen hier en daar leiden tot mis-informatie. (Hatsumi - Hidden Ninja Submission). Hatsumi Sensei ontving de scrolls van de negen scholen die de Bujinkan vormen, van Takamatsu Toshitsugu die op zijn beurt de scrolls ontving van 3 bronnen: Toda Shinryuken, Ishitani Matsutaro, en Mizuta Yoshitaro.

De volgende matrix laat de Ryu (school) zien, het “systeem” en de historische lijn:

Ryuha System Lineage:

Togakure Ryu	Ninpo	Toda Shinryuken
Kumogakure Ryu	Ninpo	Toda Shinryuken
Gyokushin Ryu	Ninpo	Toda Shinryuken
Gyokko Ryu	Kosshijutsu	Toda Shinryuken
Koto Ryu	Koppojutsu	Toda Shinryuken
Shinden Fudo Ryu	Dakentaijutsu	Toda Shinryuken
Kukishinden Ryu	Happo Biken	Ishitani Matsutaro
Gikan Ryu	Koppojutsu	Ishitani Matsutaro
Takagi Yoshin Ryu	Jutaijutsu	Ishitani Matsutaro
Hieruit blijkt dat de meeste historische erfenis en invloed van de Toda-lijn afkomt en er dus een grote invloed is van Ninpo Taijutsu in alles wat we trainen. Hoewel je hieruit kunt afleiden dat er maar drie scholen zijn die uitmondden in wat nu Ninpo is, is dit te simpel voorgesteld. Zowel de Koto Ryu en de Gyokko Ryu, hoewel niet naar verwezen als Ninpo scholen, waren ook stijlen die werden getraind door Iga Bushi (warriors) en werden geïntroduceerd in de Iga Ninpo in een vroeg stadium van hun ontwikkeling. The Gikan Ryu, volgens de Bugei Ryuha Daijiten , werd ook vaak genoemd als ''school of Ninpo'' en als Koppojutsu school en is gefundeerd op de basis van de Gyokko Ryu. De Kukishinden Ryu omvat ook zaken vanuit Shinto, Shugendo en Budo waaronder Shinobi no ho, oftewel ninjutsu. De Shinobi erfenis van de Toda lijn is duidelijk, maar Bujinkan bronnen zeggen dat de Ishitani familie ook Chunin adviseurs waren van de Hattori Ninpo Ryu onder leiderschap van Hanzo Hattori, een van Japan’s bekendste Ninja.